Créée en 2001, la Conférence inter-ministérielle Environnement-Santé est un pilier essentiel du NEHAP. Son rôle, essentiel, consiste à tracer les lignes directrices du NEHAP et à prendre les décisions finales.
La CIMES se compose des ministres compétents en matière d'environnement et de santé issus des différents gouvernements - fédéral, régionaux, communautaires -, symbolisant ainsi la coopération efficace entre les entités. Elle est présidée par le/la ministre fédéral/e en charge de l’environnement.